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Hace 40 años, el agente K (Tommy Lee Jones) había arrestado a Boris el Animal, un asesino intergaláctico (amputándole medio brazo); y lo había encarcelado en una prisión secreta en la Luna, llamada "LunarMax". K también pudo desplegar un sistema de defensa (denominado "Arc Net"), y evitar una invasión boglodita, logrando así su extinción. Sin embargo, Boris logra escapar y destruye gran parte de la cárcel, para vengarse de K.

En la Tierra, un satélite cae de su órbita (probablemente por la fuga de Boris). El agente J (Will Smith) explica a una sorprendida audiencia lo que ocurrió, la neuraliza (es decir, borra su memoria), y se dirige con K al centro de los MIB para atender los honores que se realizan al antiguo jefe de los Hombres de Negro, Z. En este, habla K y también la nueva jefe, la agente O (Emma Thompson).

Los agentes J y K se reúnen en un restaurante chino, donde K descubre que el cocinero vende comida hecha con seres galácticos. En medio de la discusión, el local es invadido por individuos extraterrestres; los cuales aniquilan con éxito. Mientras J lucha con un enorme pez, K recibe la visita de Boris. Éste le dice que, sin saberlo, ya está muerto. Esto deja molesto a K, quien cree que debió matarlo en lugar de encarcelarlo. Debido a esto, tiene un altercado con J y lo envía a casa. K intenta hablar con J, pero éste le cuelga después de haber actuado tan violento.

Mientras tanto, Boris encuentra un dispositivo que permite viajar en el tiempo. Así, se desplaza a 1969 y asesina a K en el pasado, logrando destruirlo en el futuro y evitando que active el sistema de defensa ARC Net que le fue entregado por Griffin el Arcaniano. J amanece pidiendo leche con chocolate, lo cual hace que la agente O descubra que alguien alteró el tiempo; y le informa sobre un alien que le puede orientar para viajar en el tiempo. Por eso, J (luego de haber entendido la situación) se ve obligado a viajar al pasado para salvar a K y evitar una invasión boglodita a la Tierra.